Współpraca AKF w Krakowie z Samorządem Doktorantów odbywa się na podstawie przepisów zawartych w wewnętrznych aktach normatywnych uczelni, takich jak Statut Uczelni i Regulamin Szkoły Doktorskiej. Zasadnicze kwestie dotyczące współpracy obejmują przedstawicielstwo Samorządu Doktorantów w kolegialnych organach uczelni (Rada Naukowa i Kolegium Szkoły Doktorskiej), funkcje opiniodawczo-doradcze w zakresie kształcenia doktorantów, kwestiach dotyczących organizacji życia doktorantów, regulacji wewnętrznych czy związanych z działalnością dydaktyczną i badawczą oraz prawo do opiniowania projektów uchwał, zarządzeń i decyzji organów Uczelni w sprawach dotyczących doktorantów (programy nauczania, zmiany w regulaminach, organizacja procesów rekrutacyjnych, zasady oceniania postępów doktorantów, zmiany w programach badawczych, a także zmiany w strukturze i funkcjonowaniu samej Szkoły Doktorskiej i inne kwestie administracyjne).

Współpraca Kolegium SD z Samorządem Doktorantów, w sposób umożliwiający aktywne uczestnictwo doktorantów w kształtowaniu procesu edukacyjnego na zasadach partnerstwa i otwartości na dialog, stanowi ważny element współodpowiedzialności, sprzyja budowaniu wspólnoty akademickiej i relacji opartych na wzajemnym zaufaniu i szacunku oraz podniesieniu jakości kształcenia. Z przedstawicielami Samorządu omawiane są zarówno kwestie formalne, jak i praktyczne aspekty ich wdrażania, a także propozycje ulepszeń uwzględniające potrzeby Doktorantów oraz dynamicznie zmieniającego się środowiska naukowego. Reprezentant Doktorantów bierze czynny udział w posiedzeniach Kolegium SD oraz może uczestniczyć, bez prawa głosu, przy pracach Komisji Rekrutacyjnej.  Konsultacje z Doktorantami odbywają się przed wprowadzeniem zmian w dokumentach dotyczących funkcjonowania SD i przebiegu procesu kształcenia. Zadaniem URSD jest także reprezentowanie społeczności Doktorantów w sprawach dotyczących nauki, kultury i warunków socjalno- bytowych, czego potwierdzeniem są liczne spotkania i szkolenia dla Doktorantów SD AKF. Przykładem współpracy są także cykliczne czerwcowe spotkania konsultacyjne z udziałem przedstawicieli Samorządu, Wykładowców, Promotorów oraz kierownictwa SD i Uczelni, które pozwalają rozwiązywać zgłaszane przez Doktorantów problemy oraz stanowią środowisko wymianu doświadczeń i spostrzeżeń, stwarzając przestrzeń do rozwoju interdyscyplinarnych dyskusji naukowych. W dniu Inauguracji Roku Akademickiego podczas spotkania organizacyjnego przedstawiane są prawa i obowiązki Doktoranta, zachęcanego do reprezentowania SD w URSD i samorządności. URSD AKF w Krakowie oddelegowuje rokrocznie członków do organów lokalnych i ogólnopolskich, tj. Porozumienie Doktorantów Uczelni Krakowskich, Ogólnopolskiego Porozumienia Doktorantów AWF czy do Krajowej Reprezentacji Doktorantów (który od stycznia 2023 roku reprezentuje w zarządzie Przewodnicząca URSD AKF w Krakowie).